A légkondicionálók alapból szűrik a levegőt: a beltéri egységekben por- és pollenszűrő van, így tisztítja a levegőt a klíma, miközben hűt, vagy fűt.
Egyes modellek ennél továbbmennek, és baktériumölő vagy fertőtlenítő funkcióval is rendelkeznek. Fontos viszont a rendszeres karbantartás: a szűrők tisztításával/cseréjével, valamint a készülék belsejének fertőtlenítésével elkerülhetők a kellemetlen szagok és a baktériumfelhalmozódás. Így az allergiás vagy asztmás felhasználóknak is jobb minőségű, tisztább levegőt biztosít a klíma.
